三灣五穀庫建廟於清咸豐元年(一八五一)，信士陳氏捐地三百坪建立廟宇，並自竹南五穀宮奉迎神駕供奉，惟初建廟宇簡陋，迨民國二十四年台灣大地震，中間經過多次改建，直至六十九年農曆六月十一日，恭迎神農大帝及眾神像登龕鎮座，並於七十三年農曆十一月十二日起，隆重舉行慶成圓滿福醮法會大典，此盛況成為三灣鄉境近百年來大事之一，鄉民對五穀神農大帝的虔誠，可見一斑。